Le programme Europe du Sud-Est a été lancé en septembre 2009, en collaboration avec LSEE (LSE Research on South East Europe), et avec le soutien de la Fondation John S. Latsis.

La première phase du programme - qui a pris fin en mars 2011 - articule quatre projets de recherche : deux réalisés en interne par l'Ifri et la LSE, deux réalisés par des chercheurs extérieurs.

Ce programme a été placé sous la direction de Susanne Nies, avec la collaboration d'Adélaïde Boodts, assistante de recherche.